Los temazcales, que en náhuatl significa templo de vapor, son baños empleados para la medicina tradicional. En el Peñón de los baños se hacían este tipo de rituales desde la época prehispánica, ya que de ahí brotaban aguas termales, y la práctica ha sobrevivido al paso del tiempo. La gente, sobre todo la de mayor edad, suele tomarlos para paliar los dolores de reumas.

Actualmente, los baños del Peñón incluyen un área de recepción; una zona de cuartos con tinas de mármol y camastros para descansar; un jardín central y una preciosa capilla estilo barroco del siglo XVII que tiene un retablo a la virgen de Guadalupe que por suerte no ha sido remodelado. Esta capilla es el edificio más antiguo del complejo y ha sobrevivido los cambios radicales del entorno y los ires y venires de miles de personas que cargan con sus dolencias particulares. El costo de entrada al conjunto es de 215 pesos por persona e incluye el cuarto y el baño medicinal en tinas para una o dos personas.

Hay un costo especial para personas que presenten credencial de INAPAM.