L’édifice date de La Nouvelle-Espagne et de la vice-royauté, en fait, est l'un des meilleurs exemples de l'architecture de la Nouvelle-Espagne dans la première moitié du XVIIIe siècle. Le palais a été construit par l'architecte Pedro Arrieta. Il est rattaché à la Faculté de médecine de l'Université nationale autonome du Mexique et cherche à promouvoir et à préserver l'histoire de la médecine mexicaine.

Il fut le siège du Tribunal du Saint-Office ou Inquisition. Néanmoins, il conserve les souvenirs des moments cruels de la persécution religieuse, qui ouvre ses portes au public dans une exposition permanente, où sont présentés les techniques et les outils de l'Inquisition. Le musée comprend des visites de la prison, des salles et des instruments avec lesquelles ont jugées les personnes qui se sont rebellées contre le régime ou ont été considérées comme des sorciers, sorcières, devins, astrologues et autres.

Ensuite, la genèse de l'endroit a été modifiée et est devenue l'École de médecine.

Actuellement, comme musée, dispose de salles de chirurgie reconstructive, Histologie, Herboristerie, Jardin botanique, Médecine préhispanique, Embryologie, Pinacothèque Vice régal, Botica du XIXe siècle ainsi que l'exposition de Corps Morcelés.