Desde 1994, la Universidad Autónoma Metropolitana tiene bajo su custodia este museo que fue el lugar al que llegó la primera imprenta del continente americano. La casona fue edificada por el conquistador Jerónimo de Aguilar en 1524 sobre el templo del dios Tezcatlipoca. Fue hasta 1539 que se estableció una sucursal del taller de imprenta del sevillano Johannes Cromberger por parte de Juan Pablos y bajo el virreinato de don Antonio de Mendoza. Durante ese lapso, y hasta 1989, la casona perteneció a varios dueños, hasta que se iniciaron los trabajos de rescate por parte del Gobierno Federal y la Universidad. En esos trabajos se hallaron 90 piezas prehispánicas que se exhiben en el museo que también es casa de cultura.