Il a été nommé Palais de Cristal en raison de la similitude qui conserve avec le Palais de Cristal de Londres. C’est un bâtiment de style Jugendstil allemand, conçu par Bruno Möhring pour en faire une salle des machines pour la métallurgie. En 1905, la société Landero y Coss a fait faillite et en 1909 et a été acquise par le ministère de l'Instruction Publique et des Beaux-Arts pour en faire le Musée National d'Histoire Naturelle.

Le 25 Novembre 1975, le recteur Guillermo Soberón inaugura le Musée de l'Université du Chopo et depuis lors, a accompagné l'évolution, en conservant son style art nouveau et de nombreuses structures européennes originales. Avec plus d'une centaine d'années de vie depuis sa construction, il est devenu le point de rencontre des cultures underground des années quatre-vingt: arts visuels, scéniques, performances, littératures et musique rock.

Précisément dans ses murs en 1980  une économie de troc culturel a été explorée et s’est convertie  en l’imaginaire d'un espace urbain, où se rencontrent différentes classes sociales, générations, scènes culturelles et quartiers de la ville. Après une longue période de modification, il se présente comme un espace d’avant-garde, sans pour autant négliger le passé et ses principaux arts, qui relient  les arts plastiques, la littérature, le cinéma et la musique.

Actuellement, il propose quatre ateliers pour les enfants à partir de cinq ans: Introduction à l'art, la Modélisation, le Ballet classique, le Théâtre Infantile.