Le musée a ouvert en 2010 pour se concentrer sur les conséquences de l'indifférence, de la discrimination et de la violence. A travers la mémoire historique, les salles présentent un parcours des pires crimes contre l'humanité elle-même engagée par l'intolérance religieuse, ethnique et autres. Le musée cherche à être un canal d'expression pour la compréhension de la diversité culturelle comme une étape pour éradiquer la haine et le génocide.

Le musée est divisé en deux sections: Mémoire et Tolérance. Dans le premier cas se présentent des cas extrêmes de massacres comme celui des Juifs pendant la Seconde Guerre mondiale, et d’autres pas si connus que celui des populations autochtones du Guatemala.

La section Tolérance aborde des questions telles que le dialogue, la discrimination, les Droits Humains, le pouvoir des médias, de la richesse de la diversité, entre autres. Il y a des expositions temporaires comme No nos callarán! Les batailles pour la liberté d'expression où s’aborde le cas du Mexique, qui est l'un des pays les plus dangereux pour exercer le  journalisme.

Le musée dispose d'une bibliothèque qui aborde le thème du musée, il y a un centre d'information, une salle de lecture et de prêt interne de matériel documentaire. Il offre également des ateliers pour les enfants pour les sensibiliser à certains problèmes sociaux et conflits qui ont eu lieu dans notre pays et dans le monde, afin d'éveiller en eux un sentiment d'empathie.