El cementerio fue fundado en 1660 por el canónigo Juan María García Quintana, Caballero de la Orden de Guadalupe, aunque no está confirmado pues otros historiadores indican que se fundó en el siglo XVIII. Es parte del complejo religioso de la Villa de Guadalupe.

En ese cementerio reposan los restos de Antonio López de Santa Anna, Xavier Villaurrutia, Ernesto Elorduy, Ponciano Díaz, Filomeno Mata y hasta, se dice, San Juan Diego. Los monumentos funerarios destacan por sus estilos neogótico, art nouveau, art decó y romanticismo.

Por su valor histórico, arquitectónico y cultural ahora es un museo de sitio donde se puede entrar con previa cita. Consta de dos salas, la primera aborda la historia del Cerro del Tepeyac desde los mexicas hasta la actualidad; la segunda trata la historia del cementerio.