La hacienda fue edificada en el siglo XVII. En aquel entonces el rey Carlos III la otorgó a Don Manuel Rodríguez Pinillo y López Monteros, Vizconde de San Miguel. En 1776 Ramón Goicoechea adquirió varios terrenos para establecer su hacienda, que con los años tuvo varias funciones, fue un centro productor de pulque y un monasterio carmelita.

A partir de 1906, los terrenos se fueron fraccionando. El casco de la hacienda se convirtió en hotel y restaurante; sin embargo, su historia no acabó ahí pues después Don Carlos Prieto, su dueño, usó las instalaciones para organizar conciertos de música; también fue sede de la Escuela de Historia del Arte y de Arquitectura de la Universidad Iberoamerica. En 1963 se convirtió en el restaurante San Ángel Inn, un punto gastronómico obligado para conocer la cocina mexicana.