Antes de la Conquista Española, Culhuacán era un centro religioso muy importante para los mexicas pues se adoraba al agua y la fertilidad. Es ahí donde se construyó el exconvento de Culhuacán en 1607 por la orden de San Agustín. 

Durante el virreinato, los frailes agustinos se dedicaron a evangelizar a la población indígena mediante imágenes. Los muros fueron edificados con piedra volcánica y en sus interiores hay pinturas que relatan escenas de la vida de Cristo, las cuales se representan con gran delicadeza y maestría de los indígenas o tlacuilos. El museo de sitio muestra seis salas en el claustro alto donde se resguarda a la diosa de las mazorcas de maíz o Chicomecóatl y un mascarón de Tláloc, dios de la lluvia.